1.日據時代，本校是位於風景秀麗的「碧侯潭」邊，學區包括現在的明利及萬榮兩村 的學生，校名為「達卡漢」（太魯閣語之明利村）番童教育所。

2.民國三十四年日本撤退，族人紛紛再遷移，於是在現在的萬榮村成立了萬里國民學校，學區包含了現在的明利及萬榮兩村的學生，達卡漢番童教育所廢校。

3.民國四十八年八月一日，在現址設立萬榮國民學校分班。四十九年八月一日設為分校，分校主任為鍾田學。五十年獨立成為明利國民小學，首任校長為林興騰先生。

4.本校學區由三個部落組成，山上的明利社區、馬太鞍社區及下部落的明利社區，幅員廣大、地勢優美。學生98%為太魯閣族。

5.花蓮縣萬榮鄉明利國民小學附設幼兒園前身為花蓮縣萬榮鄉明利國民小學附設幼稚園，於民國９０年８月成立，至今已22年。