民國18年前為番童教育所。
民國34年，光復後為力行分校。
民國42年9月，本校獨立，更名為發祥國民學校。
民國43年9月，增設紅葉分班。
民國47年9月，紅葉分班改為紅葉分校。
民國53年9月，紅葉分校獨立為紅葉國民學校。
民國57年8月，更名為發祥國民小學。
民國94年， 設立南投縣仁愛鄉發祥國民小學附設幼兒園。
