本校創辦於民國元年十二月一日，前身為日治時代所設立之「土阿吧魯蕃童教育所。」台灣光復後二度易名為「達仁鄉中心國校」及「達仁鄉土坂國校」，先後由鄉長和文化課長兼任校長；民國四十五年3月因學生增多地方太小，故由原地（鄉公所旁），遷到現址；民國五十七年八月，為配合推展九年國教改名為「土坂國民小學」。

    本校位於達仁鄉北邊，鄰接台坂村村校，主要學區為土坂村及新興村二部落，總戶數四百餘戶人口之多為全鄉之冠；本學區有一條大竹高溪流經過全境，造成優美的山地景觀。本校於民國94年成立附設幼兒園，幼兒園學生人數大約是17~20人，而近幾年幼兒園學生人數分別是，109學期19位，110學年17位，111學年20位，112學年18位。

※東排灣族語教學實施：

一、109學年度至112學年度，每週三提供兩小時的東排灣族語教學。

二、103學年度開始申請沉浸式族語教學計畫，並於103學年度開始實施至106學年度。

三、106年停辦沉浸式族語教學。

四、111學年度再度申請沉浸式族語教學計畫，並於112學年度開始實施。