本園創設於87年11月23日 附屬於高雄縣三民鄉民族國小 民族國小原位於三民鄉民族村 本為民權村民權國小之民族分班 民國59年11月19日獨立為高雄縣立民族國民小學

98年8月8日歷經莫拉克風災推殘校舍全毀 因此於旗山區旗山國小借用教室復課直至101年2月8日杉林區大愛村之新校舍建立完成後為止 

100年7月1日本校更名為 高雄市杉林區民族大愛國民小學 本園亦隨之更名為 高雄市杉林區民族大愛國民小學附設幼兒園

107學年本校開始推動實驗教育 為更符合民族文化教育精神 同時更改校名為 高雄市巴楠花部落國民小學 本園亦更名為 高雄市巴楠花部落國民小學附設幼兒園

108學年本校增設國中部再度更名 本原亦因此更名為 高雄市立巴楠花部落國民中小學附設幼兒園