2009年莫拉克風災。屏東縣瑪家鄉瑪家村、三地門鄉大社村、霧台鄉好茶村之受災民眾安置於瑪家農場基地(現稱Rinari部落)，瑪家和大社屬排灣族，好茶屬魯凱族。為延續受災地區孩童的受教機會，提供更優質的教育環境，財團法人張榮發基金會認養興建長榮百合國民小學。

     事實上，這三部落過去都曾有自己獨立的學校，受因整併、裁減，於八八風災時僅剩大社部落尚有分校隸屬三地國小。

     八八風災損毀了原有的家園、部落和學校。但在政府大力支持與基金會的慨允援建下，過去三部落消逝的學校，以「長榮百合」之名活得重生，於2011年8月正式成立，國小部和幼兒園合計7班。2012年5月校舍完成後，使遷入新校舍上課，在此之前10個月於瑪家國中內上課。